2012年，药品总体市场扩容,新医改不断深化，《药品生产质量管理规范（2010年修订）》发布并全面推进，抗菌药物分级管理正式实施，医药市场整顿力度加大，发改委调低部分药品零售限价，药品生产成本不断攀升。面对复杂的外部环境，公司按照年初制定的工作思路，推进重大资产重组工作，锻造具有强大影响力的白云山品牌，推进营销策略和模式的调整，以转型超越、打造战略性新兴产业龙头企业为目标，以实施大产品、打造大平台等促进发展，实现了销售收入和利润的较快增长。报告期内公司实现营业收入431076万元，同比增长13.47%；实现利润总额44019万元，同比增长34.08%；实现净利润37362万元，同比增长33.33%，其中归属于母公司所有者的净利润34895万元，同比增长33.66%。
2012年，公司以重大资产重组为契机推进资源整合。经过充分论证，公司于3月28日披露了重大资产重组预案，确定了以广州药业为平台，以广州药业新增A股股份换股吸收合并本公司、发行股份购买资产的方式实现广药集团医药产业整体上市的方案。6月15日，公司召开了重组的第二次董事会会议，审议通过了重组方案（草案）；9月19日，公司股东大会表决通过了重组方案；11月30日，重组方案获得中国证监会并购重组审核委员会无条件通过；12月21日，公司收到中国证监会《关于核准广州药业股份有限公司向广州医药集团有限公司发行股份购买资产及吸收合并广州白云山制药股份有限公司的批复》，重组方案得到中国证监会核准。以重大资产重组为契机，公司积极开展内部及外部资源整合工作，不断提高经营效率。公司利用广药集团搭建的中药材原料、大宗原料、辅料、药用包材、广告等资源整合平台，降低成本；加快属下白云山医药科技公司、白云山总厂、白云山光华公司的工商整合力度，促进营销资源共享，提高市场控制能力；授权广州药业下属企业产品使用“白云山”商标、企业名称加冠“白云山”字样，不断扩大“白云山”品牌的影响力和辐射力。
2012年，公司以精细营销管理促进效益提升。面对基药中标难度加大、药品价格总水平调降、国家整顿抗菌药物不合理使用等复杂行业环境，公司调整产品结构，加大对重点产品的拓展力度，细化产品的营销策略，集中力量加快“现金奶牛产品”的发展，保证公司规模的扩大和利润总体水平的提高。公司全年销售收入超1亿元产品达9个，另外合营企业拥有超亿元产品4个。在拥有中国驰名商标“白云山”的基础上，公司“抗之霸”商标被认定为中国驰名商标，公司产品的市场竞争力和影响力得到了进一步提升。
2012年，公司以人才聚焦效应推进科技创新。在广药集团支持下，公司借助外脑，引进人才，抓好人才的引进、培养和使用工作。凭借软硬实力，公司技术中心被认定为“国家企业技术中心”；公司合营企业白云山和黄获批筹建省级重点实验室“岭南药用植物资源保护与利用重点实验室”；白云山明兴公司的“门冬酰胺酶产业化”、白云山和黄中药公司的“名优中成药脑心清片质量标准提高及质控关键技术产业化”项目获得广州市科技进步二等奖。由于科技创新方面的突出表现，白云山总厂荣获“广州市专利实施效益奖”，白云山天心公司被认定为“广州市第四批创新型企业”，白云山和黄中药公司“中成药大品种优质原料药材板蓝根产业化示范基地”项目列入国家2012年第二批产业技术研究与开发资金高技术产业发展项目投资计划，获得中央产业技术研发资金补助700万元。
2012年，公司以新版（2010年版）GMP认证促进软硬件改造升级。司属各企业均成立了实施GMP领导小组和工作机构，制定了详细合理的实施新版GMP工作计划，对照新要求进行硬件改造和软件升级。经过努力，白云山光华公司已实现全厂通过新版GMP认证，比国家限定时间提前三年完成。白云山总厂、白云山天心公司的一些车间也通过了新版GMP认证，为企业全面通过新版GMP认证、提升生产科技质量水平积累了宝贵经验。
2012年，公司以科学管理促进公司治理。公司加强内部控制工作，强化以风险管理为导向的内部控制体系建设；狠抓费用管理，通过优化统筹司属企业管理，盘活资金归还银行借款2.07亿元，一年节约财务费用1000多万元；加强安全生产和维稳工作，全年无安全事故，多家司属企业及负责人被评为安全生产及综治维稳先进单位和先进个人。
2012年，公司经营规模和综合实力得到进一步加强，司属企业呈现了均衡发展的良好态势。但企业依然将面对成本上升、药价下降以及药品招标政策变化等医改政策调整不确定性因素的持续影响；企业新版GMP认证时间紧迫而推进速度难以达到预期目标，产能不足的矛盾依然存在；企业科研投入力度有待进一步加强，科技成果转化为生产力的速度有待加快，具有较强发展潜力的高科技产品群还有待丰富。